湖山路院區消化內鏡中心是一個現代化的內鏡診療中心，位于湖山路院區門急診醫技樓四樓，建筑面積達1500平方米，其規模、布局、設備、設計理念等均處于區域領先水平。設有胃腸鏡檢查室、超聲內鏡室、內鏡手術室及ERCP手術室等診療區域，并配備專門的麻醉復蘇室。鼓山路院區消化內鏡中心建筑面積500平方米，兩個院區共有檢查室14間。
消化內鏡中心配備國際一流奧林巴斯290內鏡系統5套，同時配備3套奧林巴斯260系統、一套富士4450內鏡系統，擁有包括普通胃鏡、腸鏡、放大胃鏡、放大腸鏡、十二指腸鏡、超聲胃鏡等各種類型內鏡共計52條，并配備ERBE海博刀系統、全自動內鏡清洗消毒機等先進的專科檢查和鏡下治療設備。
奧林巴斯290內鏡系統 該系統是目前國際最新的內鏡系統，該系統具有強大的圖像處理功能，可以提供清晰的內鏡圖像，同時所具備的結構強調功能以及NBI(窄帶成像)功能，能夠將病灶清晰的顯示出來，可以顯著提高消化道早癌的發現率。并且其一觸式接入功能不但方便內鏡的使用，同時也能方便內鏡的清洗與消毒。一旦發現可疑病灶后，可以利用我們的放大內鏡對于該部位進行放大觀察，經過放大后可以看到細微的腺體結構與微小的血管，通過這些結構細微的變化來分析該病灶性質，目前常用于消化道早癌的診斷。
先進的清洗消毒系統 內鏡中心配備全自動內鏡清洗消毒機3臺，內鏡清洗消毒工作站6臺，有專門的內鏡清洗消毒人員團隊。全自動內鏡清洗消毒機由電腦設定好的清洗消毒程序控制，清洗消毒人員只要將預清洗好的內鏡放入該機器中，按下啟動按鈕后即可完成規范的內鏡清洗消毒流程，不但操作方便，而且完全達到消毒的各項指標。
ERBE海博刀系統 其最新型號VIO 300D，具備99組可存入程序，具有多種單雙極電切電凝模式，其獨創的ENDO-CUT功能，可以智能化的控制切割與電凝效果。另外，當其配備專門的海博刀刀頭時，可以一邊進行粘膜下注射、一邊進行組織切割，可以省去來回更換附件的麻煩，節省手術時間，更好地保障手術安全。
先進的設備為高質量內鏡檢查與內鏡下手術提供有力保障。目前消化內科消化道早癌發現率逐年提升，這類患者都得到及時有效地治療。
常規技術不斷加強 前沿技術不斷拓展
消化內鏡中心常規開展胃腸鏡檢查、無痛胃腸鏡檢查，還開展消化道早癌的篩查，各種內鏡下微創手術。近年來，消化內鏡中心三四級手術數量不斷增加，逐步開展了POEM、STER、EFR、ERI等各種內鏡下新技術、新項目，自醫院設立新技術新項目獎項以來，科室每年均能獲得院內頒發的新技術獎。
隧道內鏡技術：隧道內鏡是近幾年來興起的新的內鏡技術，是利用消化道粘膜下狹小的空間來實施手術，技術難度高，手術復雜，無論對設備還是手術人員技術要求都很高。其中包括經口內鏡下食管括約肌切開術（POEM）治療賁門失弛緩癥，經粘膜下隧道腫瘤切除術(STER術)治療消化道黏膜下腫瘤等，經過近兩年的學習與實踐，該科目前已成熟掌握該項技術。
ERCP（經十二指腸鏡逆行胰膽管造影）術 該項技術是經典的針對膽道和胰腺的內鏡診斷及治療技術，消化內科2003年即開展此項技術，是南京市及周邊地區較早開展此類手術的科室之一。ERCP俗稱從嘴巴取石頭，從口腔經胃進入十二指腸，然后在膽道和胰管內進行操作。最大的優勢就是微創，手術不用開刀，創傷小，恢復快，可以治療膽總管結石、急性膽源性胰腺炎、急性化膿性膽管炎、膽總管癌或胰頭占位造成的梗阻性黃疸。
超聲內鏡技術 超聲內鏡是將內鏡和超聲診斷技術相結合的內鏡技術，在內鏡直接觀察消化道粘膜病變的同時，利用內鏡下的超聲掃描獲得胃腸道的層次結構特征以及周圍臨近臟器的超聲圖像，目前專科已經常規開展超聲小探頭、線陣超聲內鏡檢查技術以及超聲引導下細針穿刺活檢技術，該技術對確定消化道粘膜下腫瘤的起源與性質，消化系統腫瘤的侵犯深度及膽胰系統病變的診斷都有很大的價值。
ESD（內鏡下黏膜剝離術）技術 該技術是近年來迅速發展起來的新的內鏡技術，可用于消化道早癌及癌前病變等病灶的內鏡下切除，具有手術創傷小、恢復快等優勢，該科近年來也大力發展該項技術，目前已有多名醫生掌握此項技術。
其他相關技術 包括胃腸息肉內鏡下切除術（EMR），內鏡下套扎加組織膠注射治療食管、胃底靜脈曲張，EFTR(內鏡下全層切除術)治療消化道深層病變，尼龍繩+荷包縫合治療消化道穿孔，放射狀切開治療食管術后吻合口狹窄，內鏡下支架置入治療消化道良惡性狹窄。
此外，腸鏡技術開展項目較為全面，技術水平超過2019年中國早期結直腸癌篩查共識意見中設定的標準。